Academic Figures — 论文配图一键生成工具

📊 14种图表 · 6套配色（含色盲安全） · 零配置中文 · 600dpi出版级输出 · PDF/TIFF/SVG全支持 纯本地运行 · 数据不出本机 · Python一条命令搞定

✨ 核心亮点

图表类型

快速开始

# 柱状图（色盲安全配色，推荐所有投稿使用）
python3 scripts/gen_figure.py -t bar -d data.json -o figure.png --theme okabe-ito 
  --title "图2 主标题 / Subtitle" --ylabel "准确率 Accuracy (%)"

# 水平柱状图 + 比率标注 + GLM配色（科技博客风格）
python3 scripts/gen_figure.py -t hbar -d throughput.json -o perf.png --theme glm 
  --show-ratio --title "吞吐量提升" --xlabel "归一化吞吐量"

# 柱状图 + 斜纹填充（打印友好，色盲友好）
python3 scripts/gen_figure.py -t bar -d data.json -o hatch.png --theme okabe-ito 
  --hatch --show-values --title "ACR50缓解率"

# Meta分析森林图（PDF输出）
python3 scripts/gen_figure.py -t forest -d forest.json -o forest.pdf --theme okabe-ito

# Kaplan-Meier生存曲线 + Log-rank检验
python3 scripts/gen_figure.py -t km -d survival.json -o km.png --theme okabe-ito 
  --title "图3 Kaplan-Meier生存曲线" --xlabel "时间 (月)" --ylabel "生存概率"

# ROC曲线 + AUC
python3 scripts/gen_figure.py -t roc -d roc.json -o roc.png --theme okabe-ito 
  --title "图4 ROC曲线" --xlabel "1 - 特异度" --ylabel "敏感度"

# 堆叠柱状图（亚组构成比）
python3 scripts/gen_figure.py -t stacked_bar -d subgroups.json -o stacked.png --theme okabe-ito 
  --title "图5 ANCA相关血管炎器官受累"

# 双Y轴图（临床评分+实验室指标）
python3 scripts/gen_figure.py -t dual_axis -d dual.json -o dual.png --theme okabe-ito 
  --title "图6 CRP与DAS28随治疗变化"

# 多面板组合图（Panel A+B+C，期刊figure布局）
python3 scripts/gen_figure.py -t composite -d composite.json -o figure4.png --theme okabe-ito

# 架构/流程图（研究设计，CONSORT式）
python3 scripts/gen_figure.py -t diagram -d flow.json -o flow.png --theme glm --width 12 --height 6

# 热力图（自定义色阶 + 中文）
python3 scripts/gen_figure.py -t heatmap -d data.json -o heatmap.png --cjk 
  --cmap RdBu_r --vmin -20 --vmax 45

# Lancet投稿TIFF格式（照片内容 → 300dpi）
python3 scripts/gen_figure.py -t bar -d data.json -o figure.tiff --dpi 300 --theme lancet

配色方案

⚠️ 投稿建议：始终使用 --theme okabe-ito。Nature、Science、Cell等主流期刊现已强制要求色盲友好图表。红绿配色是常见退稿原因。

为什么选 Okabe-Ito？

Okabe-Ito配色是色盲安全学术可视化的金标准：

• Nature Methods专栏明确推荐（Wong 2011, Nat Methods 8:441）
• 8种颜色在红色盲、绿色盲、蓝色盲下均可区分
• 视觉鲜明——与传统配色无审美差距

输出格式

投稿技巧：Nature和Science偏好PDF/EPS矢量格式用于线稿。使用 .pdf 或 .eps 扩展名即可。

DPI标准（2026年）

常用参数

♿ 无障碍 & Alt Text

投稿时需为每个图表提供Alt Text描述。示例：

"柱状图显示治疗组（均值75，标准差3）与对照组（均值68，标准差2）的比较。误差棒表示标准差。星号表示统计学显著性（p < 0.001）。"

Springer Nature、NSF等主要出版商均要求Alt Text以符合无障碍标准。

数据输入

JSON（完整功能）或 CSV（基础功能）。详见 references/data-formats.md。

JSON柱状图示例:

{
  "labels": ["对照组", "实验组"],
  "series": {"治疗前": [75, 82], "治疗后": [68, 70]},
  "errors": {"治疗前": [3, 2], "治疗后": [2, 1]},
  "significance": {"治疗前:0": "***", "治疗后:1": "NS"}
}

KM生存曲线示例:

{
  "groups": {
    "治疗组": [[12,1],[24,1],[36,0],[48,1],[60,0],[72,0]],
    "对照组": [[6,1],[10,1],[18,1],[30,1],[42,0],[48,1]]
  },
  "log_rank": {"p": 0.032, "method": "Log-rank"},
  "risk_table": {
    "times": [0, 12, 24, 36, 48],
    "治疗组": [50, 42, 35, 28, 20],
    "对照组": [50, 38, 25, 15, 8]
  }
}

ROC曲线示例:

{
  "fpr": [0.0, 0.05, 0.10, 0.15, 0.30, 0.50, 1.0],
  "tpr": [0.0, 0.45, 0.68, 0.82, 0.92, 0.96, 1.0],
  "auc": 0.912,
  "ci": {"low": 0.854, "high": 0.958},
  "cutoff": {"fpr": 0.15, "tpr": 0.88, "threshold": 2.35}
}

版本历史

• v1.5.0 (2026-06-17) — 新增3种图表：水平柱状图（hbar，含比率标注"4.96x"）、多面板组合图（composite，GridSpec布局，每面板任意图表类型）、架构/流程图（diagram，色块+箭头+分组标注）；新增GLM配色方案（GLM-5.2像素提取柔和配色：#70A0D0蓝+#D09050橙）；新增斜纹填充功能（--hatch，9种图案，打印友好）；新增 --hatch、--show-ratio、--ratio-base、--horizontal CLI参数；强制白底输出（出版标准）
• v1.4.0 (2026-05-17) — 新增4种图表：Kaplan-Meier生存曲线（Log-rank检验、风险表、中位生存、删失标记）、ROC曲线（AUC、95%CI、最优截断点、多模型对比）、堆叠柱状图（构成比、百分比标签）、双Y轴折线图（临床评分+实验室指标同图展示）；扩展数据校验
• v1.3.0 (2026-05-17) — 新增Okabe-Ito色盲安全配色（Nature Methods金标准）；DPI升级300→600线稿默认；新增PDF/TIFF/EPS输出；增强森林图（权重气泡、I²异质性、事件数列、分隔线）；无障碍Alt Text指南；智能DPI分场景
• v1.2.0 (2026-05-16) — 新增版本元数据、依赖声明、负触发词、文件结构文档
• v1.1.0 — 新增中文自动检测、CSV长格式自动转换、空数据校验
• v1.0.0 — 初始版本：7种图表、4套配色、中文支持、统计标注