Clarity 临床技能

通过 Clarity Protocol 的集成数据库，获取 ClinVar 的临床变异注释及 gnomAD 的群体频率数据。

快速开始

列出所有临床变异：

python scripts/query_clinical.py

按基因符号筛选：

python scripts/query_clinical.py --gene-symbol MAPT

查询特定变异的详细信息：

python scripts/query_clinical.py --gene MAPT --variant NM_005910.6:c.926C>T

以可读格式获取变异详情：

python scripts/query_clinical.py --gene MAPT --variant NM_005910.6:c.926C>T --format summary

临床变异字段说明

每条临床变异记录包含以下字段：

• gene_symbol：HGNC 基因符号
• variant_notation：完整 HGVS 表示法（基于转录本）
• clinvar_significance：临床意义分类（例如："Pathogenic"、"Benign"）
• clinvar_review_status：评审状态星级（例如："criteria provided, multiple submitters"）
• clinvar_last_evaluated：ClinVar 最近一次评估日期
• gnomad_af：gnomAD 中的等位基因频率（群体流行率）
• gnomad_ac：gnomAD 中的等位基因计数
• gnomad_an：gnomAD 中的总等位基因数
• fetched_at：该数据从 ClinVar/gnomAD 获取的时间

ClinVar 临床意义取值说明

• Pathogenic：具有充分证据支持致病性
• Likely pathogenic：具有中等程度证据支持致病性
• Benign：具有充分证据表明无致病性
• Likely benign：具有中等程度证据表明无致病性
• Uncertain significance：现有证据不足
• Conflicting interpretations：提交者之间存在分歧

gnomAD 频率解读标准

• af < 0.0001：极为罕见（< 0.01%）
• af < 0.001：罕见（< 0.1%）
• af < 0.01：不常见（< 1%）
• af >= 0.01：常见（>= 1%）

调用频率限制

• 匿名访问（未提供 API key）：10 次请求/分钟
• 使用 API key：100 次请求/分钟

如需使用 API key，请设置环境变量 CLARITY_API_KEY：

export CLARITY_API_KEY=your_key_here
python scripts/query_clinical.py --gene-symbol MAPT

您的 API key 可在 https://clarityprotocol.io 获取

错误处理

404 Not Found：指定的基因/变异组合在临床数据库中不存在。

429 Rate Limit：您已超出调用频率限制。脚本将提示需等待的时间。

500 Server Error：API 服务端发生错误，请稍后重试。

Timeout：请求耗时超过 30 秒。

分页机制

临床变异列表采用分页返回。若存在更多结果，API 将返回 next_cursor 字段。

典型应用场景

• 检查某变异在 ClinVar 中是否被标注为致病性
• 获取某突变在群体中的频率数据
• 对比同一基因内多个变异的临床意义
• 评估变异评审状态的质量
• 结合 gnomAD 数据区分常见与罕见变异