MSR(多尺度结构重构)计算引擎,归属chatMOSP系统。调用mosp-for-chatMOSP/utils/msr.py生成金属团簇结构(Wulff构造),输出ini.xyz和{task_name}_cluster.xyz,随后自动生成PNG结构图和GIF旋转动画。
名称: chalmosp-msr-generator. 描述: QQMSR(多比例结构重建) ChalMOSP系统的计算引擎.
功能概述
名称: chalmosp-msr-generator. 描述: QQMSR(多比例结构重建) ChalMOSP系统的计算引擎.是一项面向实际任务的技能,主要用于Inovokes misp- for-chatMOSP/utils/msr.py 生成金属集群。它将相关步骤、工具调用和结果整理方式集中到统一流程中,帮助使用者更快完成目标并减少重复操作。
核心要点
- 使用时应结合输入条件选择合适的执行方式,核对必要参数、依赖环境与输出内容,并按原始要求处理异常情况。
- 从功能定位来看,该技能强调把分散的操作要求整理成清晰、可复用的处理流程,使用户能够围绕既定目标快速准备输入、选择执行方式并获得结构化结果。
- 实际使用前应先确认任务范围、数据来源、运行环境、必要权限和关键参数,再依据技能说明逐步执行;
使用与执行
若输入条件不完整,应先补齐信息或采用保守配置,避免因错误假设导致结果偏离需求。执行过程中需要关注工具调用是否成功、接口或依赖是否可用、输出格式是否符合预期,并对异常提示、缺失字段和边界情况进行处理;
结果检查与注意事项
涉及批量任务时,还应保存进度,避免中断后重复操作。该技能适合用于一次性任务,也可以接入自动化工作流,与其他技能或上层代理配合完成更完整的业务链路;在组合使用时,应明确每一步的输入输出关系,并避免不同步骤之间出现参数冲突。
--- name: chatmosp-msr-generator description: | chatMOSP 系统的 MSR(Multiscale Structure Reconstruction,多尺度结构重构)计算引擎。 调用 `mosp-for-chatMOSP/utils/msr.py` 生成金属团簇结构(Wulff 构型),输出 `ini.xyz` 和 `{task_name}_cluster.xyz`; 自动渲染结构 PNG 图像与 GIF 旋转动画; 最终通过 Feishu 将结果发送给用户。 触发条件:在 parameter-builder 完成参数构建、且用户通过五选项确认提示完成确认后,本技能执行 MSR 计算。
语言路由 / Language routing
根据用户最新一条消息自动识别其语言。
- 若用户使用英文输入,则继续使用本英文文档,并以英文响应。
- 若用户使用中文输入,请读取本目录下的
SKILL.md文件,并以中文响应。
始终使响应语言与用户输入语言保持一致。
chatmosp-msr-generator
1. 核心职责
- 执行金属团簇结构生成(Wulff 构型)
- 校验输入参数完整性
- 对大尺寸团簇(R ≥ 50 Å)发出警告
- 生成结构文件及可视化图像
- 通过 Feishu 向用户发送结果
2. 前置条件
- ✅ parameter-builder 已完成参数构建
- ✅ 用户已通过五选项确认提示完成确认(参见 parameter-builder)
- ✅
input.json已存在于OUTPUT/{task_name}/input.json - ✅ 目标目录已被 file-organizer 创建
- ✅ 外部依赖
mosp-for-chatMOSP已安装,且包含utils/msr.py与utils/paint.py - ❌ 不得绕过 parameter-builder 手动构建参数
- ❌ 不得跳过用户确认环节直接执行计算
3. 输入契约(input.json 中必需字段)
| 字段 | 说明 |
|---|---|
| Element | 金属元素(如 Pd、Pt、Au 等) |
| Temperature / Pressure | 温度 / 压强 |
| Gas1_name / Gas1_pp / Gas1_S | 气体 1 名称 / 分压 / 气体熵 |
| Gas2_name / Gas2_pp / Gas2_S | 气体 2 名称 / 分压 / 气体熵 |
| Radius | 团簇半径(单位:Å) |
| nFaces / Face1 / Face2 / Face3 | 表面晶面参数 |
气体熵(Gas1_S / Gas2_S)由 parameter-builder 根据 §7.1 中公式自动计算。严禁手动填写或复用示例文件中的数值。
4. 大团簇警告
执行前必须检查团簇半径。当 R ≥ 50 Å 时,须向用户发出警告:
⚠️ 计算耗时警告:
当前团簇半径为 {R} Å,预计计算耗时约 {estimated_minutes} 分钟。
(R=50 Å ≈ 20 分钟,R=65 Å ≈ 40 分钟)
是否继续执行 MSR 计算?
| 半径 | 原子数(约) | 耗时(约) |
|---|---|---|
| 50 Å | 11,000 | 20 分钟 |
| 65 Å | 35,000 | 40 分钟 |
| 更大 | 呈立方增长 | 显著延长 |
5. 执行步骤
步骤 1:运行 MSR 计算
cd mosp-for-chatMOSP
python3 utils/msr.py --json OUTPUT/{task_name}/input.json --output OUTPUT/{task_name}/
cd -
步骤 2:校验输出
ls -lh OUTPUT/{task_name}/ini.xyz
ls -lh OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz
- ✅
ini.xyz必须存在且大小 > 0 KB;否则表明 MSR 计算失败 - ✅
{task_name}_cluster.xyz必须存在(用于后续可视化)
步骤 3:生成可视化图像(需分两步独立执行)
# 静态结构图像
cd mosp-for-chatMOSP && python3 utils/paint.py
OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz
--output OUTPUT/{task_name}/structure.png
# 旋转动画 GIF
cd mosp-for-chatMOSP && python3 utils/paint.py
OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz
--gif OUTPUT/{task_name}/rotation.gif
paint.py每次调用仅支持生成一种类型(PNG 或 GIF),因此必须分两次执行。当原子数 > 20,000 时,建议仅生成静态图像。
步骤 4:通过 Feishu 发送给用户
{
"action": "send",
"channel": "feishu",
"filePath": "{workspace}/mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{task_name}/structure.png",
"caption": "{Metal}-{T}K-{P}Pa-CO{pp1}%-O2{pp2}%-R{R}Å"
}
要求:
- 向用户发送
structure.png - 向用户发送
rotation.gif - 简要描述结构特征(例如:“Pd 纳米粒子呈截角八面体构型,主要暴露 (111) 晶面”)
6. 输出文件
| 文件 | 说明 |
|---|---|
| ini.xyz | 真实团簇结构(含全部原子),作为 KMC 的输入文件 |
| {task_name}_cluster.xyz | 按表面原子类别划分的结构文件,专用于绘图 |
| faceinfo.txt | 晶面信息统计 |
| input.json | MSR 参数文件 |
| structure.png | 静态结构图像 |
| rotation.gif | 旋转动画 GIF |
7. 关键原则
- MSR 的
input.json中 不得包含 KMC 参数 —— KMC 参数由 kmc-simulator 独立准备 ini.xyz是 MSR 的 输出,而非输入 —— 不应为 MSR 任务预先准备ini.xyz- 禁止 直接复制
MOSP_database中的示例文件 —— 必须通过 parameter-builder 重新计算气体熵
8. 错误处理
| 错误 | 应对措施 |
|---|---|
ini.xyz 缺失或大小为 0 KB |
MSR 执行失败;建议调整参数后重试 |
{task_name}_cluster.xyz 缺失 |
检查 MSR 日志;可能因收敛失败导致 |
| MSR 超时 | 减小团簇半径,或核查参数有效性 |
| 用户取消操作 | 立即终止,保留已生成的文件 |
9. 跨技能协同
- MSR → KMC:MSR 完成后生成
ini.xyz;KMC 任务由 kmc-simulator 独立从MOSP_database获取完整 KMC 参数,不得复用本技能的input.json。详见 kmc-simulator。 - MSR 失败 → parameter-builder:若因参数问题导致失败,应将问题返回至 parameter-builder 进行修正。
- 重复执行 MSR:若目标目录已存在,须先征得用户同意再覆盖。
10. 依赖项
- mosp-for-chatMOSP — MSR 计算引擎(已克隆)
- chatmosp-parameter-builder — 参数构建与气体熵计算
- chatmosp-file-organizer — 目录结构管理
- chatmosp-input-coordinator — 任务入口协调器
11. 文件结构
chatmosp-msr-generator/ ├── SKILL.md # 中文参考文档 └── SKILL_cn.md # 本文件(英文版)
12. 示例
用户:计算 500K 下 Pt 纳米粒子团簇结构
系统:[识别为 MSR 任务 → parameter-builder 检索参数 →
展示五选项确认提示 → 用户确认 → R=20Å,无需警告 →
调用 msr.py → 校验输出 → 生成 PNG+GIF → 通过 Feishu 发送]
ChatMOSP 辅助技能
本技能属于 ChatMOSP 技能集的一部分。为实现完整功能,请在缺失时从 ClawHub 安装以下配套 ChatMOSP 技能:
- chatmosp-input-coordinator
- chatmosp-parameter-builder
- chatmosp-msr-generator
- chatmosp-kmc-simulator
- chatmosp-literature-search
- chatmosp-file-organizer
若任一必需的辅助技能不可用,请提示用户先从 ClawHub 安装缺失的 ChatMOSP 技能,再继续操作。GitHub 仓库仅作为备用来源。
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