文献综述

借助多引擎搜索集成（S2、OA、CR、PM），辅助撰写学术文献综述。

功能特性

• 多源检索：使用 Semantic Scholar（S2）、OpenAlex（OA）、Crossref（CR）和 PubMed（PM）查找相关学术论文。
• 完整摘要：所有来源均返回完整摘要（PubMed 使用 efetch 获取完整的 XML 记录）。
• DOI 提取：从所有来源中提取 DOI，用于交叉引用与去重。
• 自动去重：在多源检索（--source all 或 --source both）时，结果默认按 DOI 自动去重。
• 礼貌访问（Polite Access）：通过环境变量 USER_EMAIL 自动提供邮箱信息，以接入 OpenAlex/Crossref 的“Polite Pool”。
• 摘要重建：从 OpenAlex 的倒排索引格式中重建摘要内容。
• 综合归纳：依据元数据将论文按主题分组，并自动生成综述章节初稿。

环境变量

工作流

1. 广泛检索（覆盖全部数据库）

从所有主流学术数据库获取全面概览。结果默认按 DOI 自动去重。

python3 scripts/lit_search.py search "甘草对双歧杆菌的影响" --limit 5 --source all

2. 目标检索

• OpenAlex（oa）：速度快、覆盖面广，摘要质量高。
• Semantic Scholar（s2）：引文数据质量高，支持 TL;DR 摘要。
• Crossref（cr）：基于 DOI 的精确元数据（不提供摘要）。
• PubMed（pm）：生物医学研究的黄金标准，提供完整摘要及 PMID。

python3 scripts/lit_search.py search "甘草的益生元效应" --source pm

3. 多源比对检索

同时检索 S2 和 OA，确保无重要文献遗漏。默认启用 DOI 去重。

python3 scripts/lit_search.py search "婴儿双歧杆菌生长" --source both

4. 获取详细信息（S2）

获取包括 TL;DR 摘要在内在内的详细元数据。

python3 scripts/lit_search.py details "DOI:10.1016/j.foodchem.2023.136000"

5. 撰写综述

1. 提取要点：从已检索到的摘要中提取关键发现。
2. 组织结构：将发现按逻辑结构归类（例如按时间顺序或主题划分）。
3. 起草初稿：采用“逐步思考（Think step-by-step）”方式，融合多个来源生成连贯叙述。

输出格式

每条结果包含以下字段：

• id：来源特有标识符（PubMed 使用 PMID，OpenAlex 使用 OpenAlex ID，S2 使用 paper ID，Crossref 使用 DOI）
• doi：若存在则提供 DOI（用于去重）
• title：论文标题
• year：发表年份
• authors：作者姓名列表
• abstract：完整摘要文本（如可用）
• venue：期刊或会议名称
• citationCount：被引次数（S2、OA 提供）
• source：该结果来源的数据库

成功实践建议

• 参考文献引用：务必通过 DOI 或 PMID 核对引文准确性，确保参考文献列表无误。
• 筛选策略：优先关注 citationCount 较高或近年发表的论文，以构建更具时效性的综述。
• 医学领域首选 PubMed：对于生物医学方向的研究，推荐使用 --source pm 获取最可靠的文献。
• 去重机制说明：多源检索自动执行去重；如需原始计数（含重复项），请改用单源检索。