dicom_series_to_volume

用途

• 用于将单个 CT DICOM 序列文件夹转换为带仿射证据（affine evidence）的 HU NIfTI 体积。不支持多帧 DICOM 或临床用途。
• 严格按照文档说明使用封装脚本；不要用自写实现替换上游入口点。
• 清单 I/O：输入为 dicom_dir；输出为 nifti_volume 与 result_json。

使用说明

• 在修改参数、副作用或校验门之前，先阅读 skill_manifest.yaml。
• 通过下文文档化的命令运行 scripts/series_to_volume.py；将输出保留在调用方提供的运行目录之下。
• 若宿主 agent 暴露了 run_script，使用 run_script("scripts/series_to_volume.py", args=[...])；否则运行下方展示的 Bash/Python 命令。
• 在将本次运行视为证据之前，检查生成的 JSON 及配套的 dicom_volume_quality_v1 校验器。

可用脚本

前置条件

• 运行时要求：列于 runtime.side_effects.pip_packages 中的 Python 包。
• 除非下方某节另有说明，一律从仓库根目录运行命令。

局限性

• 仅支持单一序列；多序列输入会在预检阶段被拒绝。
• 不支持多帧 DICOM（每文件 NumberOfFrames > 1）。
• 不支持压缩传输语法（JPEG / JPEG2000 / RLE）。
• 不做体素重定向。仿射矩阵由 DICOM 文件头推导，并以 NIfTI/RAS 坐标表示；下游校验门（如 expected_axcodes）应在将该体积送入分割模型前断言其方向。
• 不可用于临床部署、自主诊断、合规提交、生产级推理（此类场景请使用经过审查的转换器如 dcm2niix）。

故障排查

读取一个 DICOM 序列，按 ImagePositionPatient 排序切片，应用 RescaleSlope 与 RescaleIntercept，由方向与间距标签构建仿射矩阵，并写入 .nii.gz 文件及 JSON 摘要。

python scripts/series_to_volume.py PATH_TO_DICOM_DIR --output PATH_TO_OUT.nii.gz

如需结合配套校验器的可信运行：

python -m eval_engine.run_trusted skills/dicom-series-to-volume 
  --fixture PATH_TO_DICOM_DIR 
  --out runs/dicom_series_to_volume_trusted

关键输出字段：n_slices、series_instance_uid、output.path、 output.shape、output.spacing、output.axcodes、output.affine、 hu_range，以及 runtime.conversion_seconds。

范围限制：仅支持单一序列 CT；不支持多帧 DICOM、压缩传输语法处理、RT 结构集、 自动重定向或临床用途。