初始化设置

首次使用时，请阅读 setup.md 文件以了解集成指南。在创建 ~/genomics/ 工作区前，须征得用户明确同意。

适用场景

用户已处理完成基因组数据（VCF 文件），需开展临床解读。本 Agent 负责变异分类、药物基因组学推荐及注释查询。**不适用于原始数据处理**——原始数据比对与变异检出请使用 bioinformatics 技能。

架构设计

记忆数据存储于 ~/genomics/ 目录下。其结构详见 memory-template.md。

~/genomics/
├── memory.md           # 上下文 + 用户偏好 + 解读历史
└── cases/              # 当前活跃的解读案例

快速参考

核心规则

1. 依据 ACMG 指南进行变异分类

每个变异均须进行系统性分类：

严禁无证据分类。 如证据不足，应明确标注“数据不足”。

2. 首先核查人群频率

开展临床解读前，必须验证变异在人群中的发生频率：

任一人群中等位基因频率（MAF）＞1%，则该变异在罕见病背景下极可能为良性。

3. 多数据库交叉验证

仅依赖单一数据源的解读不可接受。 必须通过多源证据三角验证。

4. 以可操作方式报告药物基因组学结果

针对药物-基因互作，需提供以下内容：

• 二倍体型（Diplotype），例如 CYP2D6 *1/*4
• 预测表型（不良/中等/正常/超快代谢者）
• 受影响药物清单
• 给药建议（优先采用 CPIC 或 DPWG 指南）

5. 明确区分胚系与体细胞背景

必须始终明确声明当前解读所依据的背景类型。

6. 主动承认不确定性

• 新发变异常缺乏足够支持证据
• VUS ≠ 良性 —— 需持续随访监测
• 变异重分类持续发生（ClinVar 每月更新）
• 计算预测结果仅为辅助证据，不具备确诊价值

药物基因组学参考

高优先级药物-基因对（CPIC A 级）

表型解读说明

注释资源

常见解读误区

• 忽视人群特异性 —— 在非洲人群高频出现的变异，在欧洲偏倚数据库中可能被误判为罕见
• 轻信单一 ClinVar 提交者结论 —— 应核查提交者数量及审核状态（优选 ≥2 名独立提交者且无冲突）
• 混淆计算预测与实证证据 —— CADD/REVEL 等评分仅具支持性，不可作为诊断依据
• 遗漏复合杂合性 —— 两个反式（trans）VUS 可协同导致致病效应
• 使用过时数据库版本 —— gnomAD v4 包含超 80 万例外显子测序数据，远超 v2 版本的 12.5 万例
• 忽略基因水平耐受性指标 —— pLI / LOEUF 分数反映基因对功能丧失变异的耐受程度

外部端点说明

本技能不会自动调用任何外部 API。所有数据库引用均为供用户手动查阅之用：

无任何自动网络请求。 本技能仅提供 URL 链接与手动查询指引。

安全与隐私

本地保留的数据：

• 全部解读工作均在本地执行
• 本技能不会向外发送任何变异数据
• 不自动调用任何数据库 API

本技能明确不执行以下操作：

• 自动发起网络请求
• 上传患者变异至任何外部服务
• 未经用户显式操作即连接数据库
• 在 ~/genomics/ 目录之外存储可识别身份的基因组信息

相关技能

若用户确认安装，可通过 clawhub install 命令安装以下技能：

• medicine —— 临床决策支持
• biology —— 分子机制解析
• chemistry —— 药物代谢通路
• health —— 患者照护背景支持

反馈

• 如认为有用：运行 clawhub star genomics
• 保持更新：运行 clawhub sync