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比如,我有两个字符串:ABVCDABEFMGH,KABEFKKGLLH然后比较差异,并把相同部分标红,得:ABVCDABEFMGH,KABEFKKGLLH这种需求用什么算法比较合适。
ABEF
GH
G
H
目前是用的Needleman-Wunsch算法,算法复杂度m*n,不得不说,复杂度太高,内存伤不起
Needleman-Wunsch
m*n
光阴似箭催人老,日月如移越少年。
找到两个链接:全局对齐的Needleman–Wunsch算法和局部对齐Smith–Waterman算法。
找了半天,终于找到了
动态编程和基因序列比对
有没有考虑对Shift-Or算法做变体,Shift-Or算法在中间进行Or判断的时候就可以获取中间字符串状态。你这个问题明显是Shift-Or中间状态
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找到两个链接:全局对齐的Needleman–Wunsch算法和局部对齐Smith–Waterman算法。
找了半天,终于找到了
动态编程和基因序列比对
有没有考虑对Shift-Or算法做变体,Shift-Or算法在中间进行Or判断的时候就可以获取中间字符串状态。你这个问题明显是Shift-Or中间状态