本文介绍如何利用past软件开展聚类分析,涵盖欧式距离(euclidean distance)与bray-curtis距离等常用距离度量方式,并进一步借助adobe illustrator对导出的svg格式聚类树图进行精细化美化与排版编辑。
1、数据需以表格形式组织,每行对应一个样本,列代表不同变量(如物种丰度、理化指标等)。可参照百度经验中关于PAST软件的数据导入与分组教程完成初始设置,亦支持直接复制粘贴数据后手动修改样本名称。
2、使用快捷键 Ctrl+A 全选全部数据区域,确保后续分析覆盖完整数据集。
3、在顶部菜单栏选择“Multivariate”(多元统计)→ “Cluster analysis”(聚类分析)→ “Classic”(经典方法),进入聚类参数配置界面。
4、PAST软件中数据导入与分组的具体操作流程如下:

5、默认聚类计算基于欧几里德距离(Euclidean distance),结果如图所示,树状图直观呈现样本间的相似性关系。

6、用户可根据研究需求切换距离算法,例如生态学与微生物组分析中广泛使用的Bray-Curtis距离。更改距离类型后,务必点击“Compute”按钮以触发重新计算。

7、“Boot N”输入框用于设定Bootstrap重采样次数;若保持默认值0,则跳过置信度评估步骤。
8、确认所有参数无误后,点击“Compute”按钮执行聚类运算。

9、生成结果后,点击“Graph Settings”按钮,按需调整字体大小、分支线宽、节点样式等可视化参数。
10、点击“Plot”区域右下角的图片图标,可将当前聚类树图导出为SVG矢量格式。该格式兼容Adobe Illustrator,支持无损缩放与自由编辑,也可另存为PDF、PNG等通用格式,便于论文插图制作与出版应用。

11、在Adobe Illustrator中打开SVG文件后,可对聚类树结构进行多维度优化,例如将其顺时针或逆时针旋转90°,以适配横向排版需求。
12、选中全部图形元素(Ctrl+A),右键调出上下文菜单,选择“Transform” → “Rotate”,进入旋转设置面板。

13、输入“-90”并确认,完成逆时针旋转90度操作。

















