根本原因是Git的忽略规则仅控制未跟踪文件的自动添加，不保护已存在但被.gitignore忽略的文件免于merge覆盖；其设计逻辑是只要文件存在于工作目录且对方分支有同名变更，Git就会尝试操作该文件。
合并时工作区忽略文件被覆盖，根本原因是什么
Git 在执行 git merge 时，只要目标分支修改了「当前工作区已存在但被 .gitignore 忽略的文件」，就会尝试将其纳入合并过程——哪怕它从没被 Git 跟踪过。Git 不区分“被忽略但存在”和“被跟踪但暂存”，只要文件在工作目录里，且对方分支有同名路径的变更（比如对方删了该文件，或改了内容），Git 就会报冲突或直接覆盖。
这不是 bug，是设计行为：Git 的忽略规则只影响「未跟踪文件的自动添加」，不保护已存在文件免于合并操作。
常见现象包括：
- 你本地有个
config.local.json（在.gitignore里），对方分支删掉了这个文件，你git merge main后它消失了 - 对方分支新增了
logs/error.log（被忽略），你本地也有同名文件，merge 后你的内容被清空或替换成对方空文件
如何阻止 merge 时覆盖本地忽略文件
最稳妥的方式是让 Git 明确知道：“这个文件我不管，别动它”。用 git update-index --skip-worktree 标记：
操作步骤：
- 确认文件确实被忽略：
git check-ignore -v config.local.json（应输出匹配规则） - 标记跳过工作区检查：
git update-index --skip-worktree config.local.json - 验证状态：
git ls-files -v | grep ^S（带S前缀即生效）
--skip-worktree 是本地仓库级设置，不随 clone 传播；换机器或重装需重新标记。不要用 --assume-unchanged，它仅用于性能优化，对 merge 行为无实质影响。
merge 已发生覆盖后怎么恢复
如果已经执行了 merge，且忽略文件内容丢失，别急着 git checkout——它不会还原未跟踪文件。
恢复方法取决于你是否还保留原始内容：
- 若文件内容刚删/刚改，且没关编辑器：直接从编辑器里恢复（多数 IDE 有本地历史）
- 若已关闭编辑器，但系统有文件快照（如 macOS Time Machine、Windows 文件历史）：优先从此恢复
- 若啥都没留，且该文件本就来自模板（如
config.example.json）：复制模板重填，这是最常被忽略的兜底动作
git restore 或 git reflog 能找回它。
长期规避：把敏感忽略文件转成模板 + 生成逻辑
靠人工标记 --skip-worktree 容易漏，尤其多人协作时。更可持续的做法是解耦「模板」和「实例」：
例如处理配置文件：
- 提交
config.example.json到仓库（不忽略） -
.gitignore加一行：config.local.json - 写个简易脚本（
setup.sh或npm run init-config），自动cp config.example.json config.local.json - 所有代码读取
config.local.json，但绝不写入或提交它
