配置Hermes Agent连接Obsidian是构建第二大脑的存储基座，需通过hermes setup设置绝对路径、启用文件监听、生成配置文件，并支持LLM Wiki自动结构化笔记及Notion双向同步。
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你需要把零散的论文、会议纪要、微信收藏、网页文章统一沉淀为可检索、可跳转、可演化的知识网络，而不是继续在多个平台间反复切换查找。
配置 Hermes Agent 连接 Obsidian 本地知识库
这一步是整个第二大脑的存储基座，Obsidian 的 Vault 必须被 Hermes 准确识别并获得读写权限，否则后续所有自动归档、链接生成、图谱更新都会失败。
第一步：打开终端，执行 hermes setup 启动交互式配置向导；
第二步：选择「知识库路径」选项，粘贴你的 Obsidian Vault 的【绝对路径】，例如 macOS 上是 /Users/yourname/Library/Mobile Documents/iCloud~md~obsidian/Documents/my-vault，Windows 上是 C:\Users\yourname\Documents\Obsidian Vaults\MyVault；
第三步：确认后，Hermes 会在该 Vault 根目录下自动生成 .hermes/vault_config.json，里面记录了监听范围与默认归档策略；
第四步：编辑 ~/.hermes/config.yaml，将 file_watcher.enabled 设为 true，并在 watch_paths 中加入你最常写笔记的子目录，比如 "01_日记/" 或 "03_学习/"；
第五步：重启 Hermes 服务，运行 hermes watch --status，看到输出 active 即表示监听已就绪——此时你只要在 Obsidian 里新建或保存一个 .md 文件，Hermes 就会立刻捕获它。
启用 LLM Wiki 模式，让 AI 主动整理笔记
不是等你去查，而是 AI 提前把每篇笔记变成结构化 Wiki 页面：带摘要、带标签、带双向链接、带时间戳。这是区别于 RAG 的关键跃迁。
方法一：命令行触发单次整理
在终端中执行：hermes run --skill llm-wiki --input "01_日记/2026-06-02-晨间思考.md"；
AI 会自动提取核心论点、生成三句话摘要、识别文中术语（如「注意力残留」「认知带宽」），并在对应术语首次出现处插入 [[注意力残留]] 链接；
方法二：启用自动监听归档
确保 skills.config.wiki.path 在 config.yaml 中指向你的 Obsidian Vault 路径；
在 Vault 根目录下创建 raw/ 文件夹，把待处理的原始网页截图、PDF 文字稿、微信长文复制粘贴进这个文件夹；
Hermes 会定时扫描 raw/，识别内容后自动生成标准化 Markdown，归档到 concepts/ 或 entities/ 目录，并在 index.md 中追加索引条目；
注意：归档后的文件首行必须保留 YAML frontmatter，否则 Obsidian 图谱无法解析实体关系。
对接 Notion 数据库实现双向同步
当你需要把团队协作类内容（如项目排期、会议待办、客户反馈）也纳入第二大脑时，Notion 是不可替代的协同层，但必须防止数据割裂。
① 创建 Notion Integration 并获取 Token：
登录 Notion → 设置与成员 → Integrations → Develop your own integration → 填写名称（如“Hermes-TeamDB”）→ 提交 → 复制 Internal Integration Token（以 secret_ 开头）；
② 授权目标数据库：
在 Integration 权限页点击 “Add a database”，搜索并添加你要同步的 Notion 数据库，勾选 Read content 和 Write content；
③ 注入密钥并绑定数据库：
在 Hermes 项目根目录的 .env 文件中新增一行：NOTION_INTEGRATION_TOKEN=secret_xxxxxxxxxxxxxx；
打开 config.yaml，在 notion: 区块下填写 database_id: （从 Notion 数据库 URL 中截取 database/ 后的 32 位字符串）；
④ 启用变更监听：
执行 hermes skills load notion_webhook_listener.yaml，然后在 Notion 数据库设置中开启 Webhooks，Endpoint 填写 http://localhost:8000/webhook/notion（需确保 Hermes WebUI 已启动）；
此后，你在 Notion 中新增一条任务、修改一个状态，Hermes 会在 2 秒内收到事件，自动将该条目转为 Markdown 归档进 Obsidian 的 queries/ 目录，并在原文中插入 [[#Notion-20260602-001]] 锚点供反向追溯。
