Composer 默认解压 ZIP 包而非克隆 Git 仓库，--prefer-source 可强制尝试 Git 克隆，但需包支持 source、本地有 git 且网络可达；加 --keep-vcs 才保留 .git 目录，否则仍被清除。
composer install 和 composer update 都不下载源码，只解压
Composer 默认行为是把包的 ZIP 包下载到 vendor/composer/archives/，再解压进 vendor/。你看到的 vendor/foo/bar 是解压后的文件，不是原始 Git 仓库或完整源码树——比如缺失 .git/、tests/（如果没被 autoload-dev 包含）、CHANGELOG.md 等非运行必需文件。
想“一键下载所有包的源代码（非压缩）”，本质是让 Composer 放弃 ZIP 模式，全部走 Git 克隆。这只有在满足以下条件时才可行：
- 所有包都托管在支持 Git 的仓库（GitHub/GitLab/自建 Git），且
composer.json中指定了source类型（而非dist） - 你的
composer.json显式禁用了dist，并强制启用source - 本地装了
git命令，且网络能直连各仓库（无代理/防火墙拦截）
用 --prefer-source 强制走 Git 克隆
--prefer-source 是唯一接近“一键下载源码”的开关。它会让 Composer 对每个包尝试从 source（Git）安装，失败再回落到 dist（ZIP）。注意：它不会“保证全部成功”，尤其对私有包或配置不全的包容易失败。
实操建议：
- 运行
composer install --prefer-source（已有composer.lock）或composer update --prefer-source（刷新依赖） - 加
-v查看每步来源：Cloning 123abcde from https://github.com/foo/bar.git表示走 Git；Downloading https://api.github.com/.../archive/refs/tags/v1.2.3.zip表示 fallback 到 ZIP - 若某包始终 fallback，检查其
composer.json是否定义了"source"字段（如"url": "https://github.com/foo/bar.git"），没有就只能靠 ZIP
为什么 vendor 里还是看不到 .git 目录？
即使 --prefer-source 成功克隆，Composer 默认会执行 git clone --no-checkout + git checkout -qf <commit>，然后删掉 .git 目录（为节省空间、避免污染部署环境）。所以你看到的是干净工作区，不是完整克隆体。
围绕关键发现、作用机制、临床相关性及研究局限性展开讨论。适用于撰写或优化任何生物医学论文的“讨论（Discussion）”部分——包括结果解读、与既往文献关联、阐释意外发现、界定研究局限性，以及撰写结论。当用户输入以下任一指令时也会自动触发该功能： - “write my discussion” - “help me discuss my findings” - “how do I compare to prior studies” - “write the limitations par
要保留 .git，必须手动干预：
- 设置环境变量：
COMPOSER_DISCARD_CHANGES=0（防止 Composer 清理变更） - 但关键一步是：加
--keep-vcs参数，例如composer install --prefer-source --keep-vcs - 注意副作用：所有
vendor/下的包都会带.git/，体积翻倍，且composer update时可能因本地修改冲突失败
私有包、Satis 或 Artifactory 场景下 source 不可用
如果你用的是私有 Packagist（如 Satis、Artifactory）、或包只发布了 dist（ZIP）而没配 source，--prefer-source 会直接报错：Source is not available for package foo/bar。这时候没有“一键”办法。
替代路径有限：
- 联系包维护者，在其
composer.json中补全"source"字段并重发版本 - 自己 fork 后改
composer.json，然后在repositories中指向你的 fork（需维护同步） - 接受 ZIP 解压结果 —— 它已是“源代码”，只是不含 VCS 元数据和非 autoload 文件
真正需要深度阅读（比如看测试用例、历史提交、CI 配置），直接去 GitHub 页面看，比折腾 vendor/ 更可靠。Composer 的设计目标从来不是提供源码镜像，而是可复现的依赖快照。
