在研究肾脏部位巨噬细胞的跨物种比较后，有许多玩家可能对其他组织或细胞类型的类似研究感兴趣。例如，脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）、t细胞和b细胞的跨物种比较也是非常值得探索的领域。通过单细胞rna测序（scrna-seq），我们可以深入了解这些细胞在不同物种中的功能和基因表达模式。

研究背景

在《Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species》这篇发表在J Am Soc Nephrol. 2019 May的文章中，研究人员使用了10× Genomics和Fluidigm C1两个单细胞测序技术平台，对四个物种（人类、鼠、鼠、猪）的肾脏部位巨噬细胞进行了详细分析。测序数据已通过GSE128993公开可获取。

研究方法包括：

• 从肾脏中分选免疫细胞（CD45+），排除淋巴细胞后进行scRNA-seq。
• 分析了来自鼠、鼠、猪和人类肾脏组织的3013、3935、4671和2868个单细胞。
• 使用Seurat进行无偏分层聚类和热图分析，展示了每个物种独特的先天免疫细胞景观。

数据集概述

测序数据文件大小如下：

• GSM3689774_human_10X_matrix.txt.gz：3.9 Mb
• GSM3689775_pig_10X_matrix.txt.gz：6.2 Mb
• GSM3689776_mouse_10X_matrix.txt.gz：4.1 Mb
• GSM3689777_rat_10X_matrix.txt.gz：5.5 Mb

这些文件可以通过GSE128993获取。由于不同物种的基因名称不同，建议对每个文件独立进行单细胞的降维、聚类和分群分析。

学徒作业

您的任务是完成GSE128993中的四个文件各自独立的单细胞分析流程，具体步骤包括：

Obsidian (Linux)

操作 Obsidian 库（纯 Markdown 笔记），并通过 notesmd-cli 实现自动化。

下载

1. 下载每个文件。
2. 对每个文件进行单细胞RNA测序数据的预处理。
3. 进行降维、聚类和分群分析。

拓展研究

基于肾脏巨噬细胞的研究成果，我们可以考虑将类似的方法应用于其他细胞类型和组织。例如：

• 脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）：小胶质细胞在脑部免疫反应中起着关键作用，研究它们在不同物种中的基因表达和功能差异可能有助于理解神经炎症和神经退行性疾病的机制。
• T细胞和B细胞：这些细胞在免疫系统中扮演着重要角色，跨物种比较可以揭示它们的进化和功能保守性，以及在不同物种中对病原体的响应方式。

通过这些研究，我们不仅可以丰富对免疫系统的理解，还可能为跨物种的疾病模型和治疗策略提供新的见解。

祝您在单细胞分析的学习和研究中取得成功！